Согласно подпункту 2 пункта 2 статьи 149 Налогового кодекса РФ, медицинские услуги, оказываемые медицинскими организациями, не облагаются НДС. Эта льгота не распространяется на посредническую деятельность (п. 7 ст. 149 Налогового кодекса РФ). Поэтому денежные средства, полученные муниципальной больницей от ООО за оказанные пациенту медицинские услуги, а также услуги, которые оказывает само общество, не будут облагаться НДС. А вот сумма агентского вознаграждения, которое получит общество от своих пациентов, направляя их за медицинской помощью в муниципальную больницу, будет облагаться НДС.
Иногда оплата услуг ООО производится путем частичной предоплаты. По общему правилу с суммы авансов также следует начислять НДС (подп. 2 п. 1 ст. 162 Налогового кодекса РФ). Однако это положение не применяется в отношении операций по реализации услуг, которые освобождаются от НДС (п. 2 ст. 162 Налогового кодекса РФ). Следовательно, НДС не будет начисляться на предоплату за медицинские услуги, оказываемые муниципальной больницей или самим обществом. А вот с агентского вознаграждения, полученного обществом авансом, НДС нужно начислить.
При этом можно порекомендовать, чтобы договор на оказание медицинских услуг, заключенный между ООО и пациентами, содержал указание на то, что аванс, уплаченный пациентом, перечислен исключительно в счет оказания медицинских услуг. Тем самым он будет выводиться из-под налогообложения.